Là loài săn mồi đỉnh, đại bàng Harpy săn bắt hầu hết các loài động vật có kích thước từ nhỏ đến trung bình, bao gồm chủ yếu là các loài lười, khỉ, ngoài ra còn săn bắt các loài nhím, sóc, thú có túi, thú ăn kiến, và thậm chí cả gấu mèo. Con mồi khác là các loài chim, như là các loài vẹt, và các loài bò sát, như kỳ nhông iguana, rắn, kỳ đà Tegu. Đôi khi chúng giết cả những con mồi lớn hơn như lợn rừng Nam mỹ, hươu đỏ và lợn nước capybara.

Nhờ có bộ móng vuốt lớn nhất trong số các loài đại bàng,đại bàng Harpy thường xuyên bắt được con mồi có trọng lượng hơn 7 kg. Con trống thường bắt con mồi nhỏ hơn, khoảng 0,5–2 kg, trong khi con mái có con mồi lớn hơn, từ 6–9 kg. Với con mồi lớn hơn mà chúng không có khả năng mang về tổ, chúng sẽ ăn tại chỗ và quay lại nhiều lần để ăn.